شدو خارپشت ، شخصیتی بود که توسط پروفسور جرالد روباتنیک برای اهداف صلح آمیز ساخته شده و داستان های زیادی در گذشته داشته؛اما حالا او با سازمان جی.یو.ان متحد میشه چون نمیتونه با اون لج بکنه ، هر چند از اون سازمان متنفر باشه.اولین مرحله از خط داستانی شدو با ماموریتی از طرف جی.سو.ان شروع میشه که درحال گزارش دادن به شدو هست و شدو هم ماموره تا "عصای سلطنتی" که توش موجودی به نام مفلیس قرار داره رو به همراه روژ خفاش از پایگاه دکتر اگمن خارج بکنه.داستان زیادی در این بین اتفاق میفته ولی در نهایتش این عصا به لطف حمله دکتر اگمن میششکنه و مفلیس از درونش خارج میشه.
مفلیس تاریکی ، به وسیله ی سایه شدو شکلی به خودش میگیره و همشکلش میشه.اون کمی با شدو حف میزنه و بعد اون و روژ رو به آینده منتقل میکنه (با استفاده از قابلیت سفر در زمان).اون هزاران هزار دروغ سر هم میکنه تا بتونه طوری به خواسته هاش برسه و تو این راه خیلی سعی میکنه تا شدو رو وسوسه بکنه که با کمک کردن به خودش و انتقام گرفتن از مردم زمین ، خودشو خالی بکنه.ولی خب شدو قبول نکرد.در نهایتش هم مفلیس به فرمی عجیب که بهش "کریستالی" میگن در میاد و جنگی سخت بینشون رخ میده.
مبارزه سختی بین شدو و مفلیس در میگیره و شدو بدون هیچ زمردی در برابر اون هیولای قدرتمند قرار میگیره و احمتال شکستش زیاده ولی خب ، روژ سعیش رو میکنه که زمردی رو با کمک امگا به شدو برسونه و میرسونه و در نهایت هم شدو مفلیس رو شکست میده.شدو در به در به دنبال سونیک میگرده تا باهاش حرف بزنه ولی میبینه که خارپشتی به نام سیلور ، داره سونیکو خرد خاکشیر میکنه!به همین دلیل با سیلور برای نجات جون سونیک مبارزه میکنه و موجه میشه که سیلور حتی اونو با مفلیس هم اشتباه گرفته (پس معلومه سیلور خیلی تو باغ نیست!) به همین دلیل شدو و سیلور به گذشته میرن تا بیشتر درباره مفلیس بفهمن.
در قسمت بعدی ، امگا مفلیس رو پیدا میکنه و اون رو تقریبا مغلوبش میکنه ولی مفلیس فقط میخنده و میگه که "تنها دلیلی که باعث شد تو بتونی منو شکست بدی ، این بود که من فقط به دنبال شدو بودم نه اینکه بخوام از خودم دفاع کنم".شدو و روژ و امگا مفلیس رو تعقیب میکنن تا اینکه به یک معبدی میرسن و مفلیسس رو به همراه دو زمرد میبینن.مفلیس با شدو حررف میزنه که بهش ملحق بشه ولی شدو بهش میگه "اگه تمام جهان بخواد دشمن من باشه ، من مثل گذشته باهاش مبارزه میکنم!نه اینکه بزنم دنیا رو نابود کنم!" مفلیس هم که حرصش درومده بود ، از خودش هزاران ارتش درست میکنه و به جنگ با شدو میپردازه.شدو هم با دراوردن حلقه هاش به سادگی همه اون ها رو نابود میکنه.